Protein kelas I membentuk perantaraan bes Schiff terprotonasi yang menghubungkan lisina di tapak aktif yang sangat terpelihara dengan karbon karbonil di DHAP. Selain itu, sisa tirosina adalah penting untuk mekanisme ini sebagai penstabil penerima hidrogen. Protein kelas II menggunakan mekanisme berbeza yang mengutubkan kumpulan karbonil dengan kation divalen seperti Zn2+. Tagatosa-bisfosfat aldolase, protein operon galaktitolEscherichia coli, gatY, dan operon N-asetil galaktosamina operon, agaY ialah homolog kelas II. Dua sisa histidina di separuh pertama urutan homolog ini telah ditunjukkan terlibat dalam mengikat zink.[1]

Subunit protein kedua-dua kelas masing-masing mempunyai domain α/β yang dilipat ke dalam balang TIM yang mengandungi tapak aktif. Beberapa subunit dipasang ke dalam protein lengkap. Kedua-dua kelas berkongsi identiti jujukan yang sedikit.

Dengan beberapa pengecualian, hanya protein kelas I telah ditemui dalam haiwan, tumbuhan dan alga hijau.[2] Dengan beberapa pengecualian, hanya protein kelas II telah ditemui dalam kulat. Kedua-dua kelas telah ditemui secara meluas dalam eukariot lain serta dalam bakteria.[3] Kedua-dua kelas sering hadir bersama dalam organisma yang sama. Tumbuhan dan alga mempunyai aldolase plastid, kadangkala peninggalan endosimbiosis, sebagai tambahan kepada aldolase sitosol biasa. Aldolas/fosfatase fruktosa-bisfosfat dwifungsi dengan mekanisme kelas I telah ditemui secara meluas dalam arkea dan dalam beberapa bakteria.[4] Tapak aktif aldolase arkea ini juga menetap dalam tong TIM.